Viện YHCT Quân đội được thành lập ngày 04/7/1978 với tên gọi ban đầu là Bệnh viện Đông y Quân đội.[2]
Trong quá trình phát triển, đơn vị đã trải qua quá trình chuyển đổi và bổ sung chức năng từ bệnh viện (hospital, từ 1978 - 1993) với chức năng chính là điều trị, sang viện nghiên cứu (institute, từ 1994 - nay), để tăng cường chức năng nghiên cứu khoa học và bổ sung chức năng đào tạo sau đại học.
Sự phát triển này được đánh dấu bằng mỗi bước trưởng thành của đơn vị, như nâng cấp từ bệnh viện loại B lên loại A; điều trị từ chuyên khoa nhỏ đến đa khoa sâu; huấn luyện - đào tạo từ bậc y tá, đến y sĩ, bác sĩ, thạc sĩ và nay là tiến sĩ; nghiên cứu từ đề tài cơ sở, đến đề tài cấp ngành, cấp bộ và nay là cấp nhà nước; quy mô điều trị từ mấy chục giường bệnh đến nay là 500 giường bệnh; diện tích từ một vài hecta đến nay là năm hecta; địa giới từ chỉ đặt ở Hà Nội đến nay đã xây dựng phân viện tại Thành phố Hồ Chí Minh...
Hiện tại, Viện YHCT Quân đội được tổ chức theo mô hình bệnh viện - viện nghiên cứu - trường học và được gọi tắt là mô hình viện - trường để thực hiện 3 chức năng chính là điều trị, nghiên cứu khoa học và đào tạo. Viện là đơn vị đầu ngành về YHCT trong toàn quân, được xếp hạng I và là một trong những cơ sở YHCT lớn nhất Việt Nam. Năm 2008, Viện được bổ sung nhiệm vụ điều trị và chăm sóc sức khoẻ cho cán bộ Trung ương. Năm 2011, Viện được giao nhiệm vụ đào tạo tiến sĩ chuyên ngành YHCT.
